与一般的职业相比，船员的劳动法律关系问题要更加复杂一些。这主要是因为很多船员并不与作为实际用工单位的船公司建立劳动关系，而是常常依赖船员管理公司或船员服务机构提供短期就业机会，接受他们的的派遣到指定的船舶上工作。这些被称为自由船员的劳动者会与派遣机构和船公司分别形成不同的法律关系，而且实践中还因为存在着大量的挂靠、借用外派资质、代发工资、签订多份聘用合同等现象，使得船员的劳动法律关系更加难以判断。
一、船员劳动活动中涉及到的法律主体
要明确船员劳动活动中的法律关系，先要了解劳动活动中可能涉及到的法律主体。
我国现行法律框架下，对“船员”存在广义、中义、狭义三种不同定义。广义的船员包括船上一切工作人员。《海商法》第31条规定，船员是指包括船长在内的船上一切任职人员。中义的船员包括船长和“有证船员”。《船员条例》第4条规定，本条例所称船员，是指依照本条例的规定经船员注册取得船员服务簿的人员，包括船长、高级船员、普通船员。狭义的船员仅指“有证船员”。《海商法》第22条规定，船长、船员和在船上工作的其他在编人员根据劳动法律、行政法规或者劳动合同所产生的工资、其他劳动报酬、船员遣返费用和社会保险费用的给付请求，具有船舶优先权。
现实中，船上工作人员无证上岗的情况较为普遍，《海商法》的规定并未将此类人员排除在船员范围之外，这在实践中引发了一定的问题。因为船员劳务合同纠纷（此处劳务合同作广义理解，包括劳动关系、劳务关系和劳务派遣关系）属于海商海事纠纷案件，由海事法院专属管辖，且不适用劳动仲裁前置程序。而《海事诉讼特别程序法》并未就船员进行定义，因此，“无证船员”是否属于船员的范围，直接关系到劳动者如何取得法律救济的问题。
根据笔者检索的结果，重庆三中院曾对这一问题进行过认定。在该院作出的﹝2015﹞渝三中法民管异终字第00212号民事裁定书中，法院以劳动者未取得《船员服务簿》为由，认定其不属于船员范围，裁定该案属于一般劳动争议案件。
对此，笔者认为，“无证船员”相关劳动、劳务争议仍属于海商海事案件，应由海事法院管辖，上述裁定存在两方面问题。首先，法律之所以规定海商海事案件由海事法院专属管辖，是因为此类案件具有极强的专业性，不适合一般法院进行审理。无论船员是否取得《船员服务簿》，只要相关纠纷涉及船舶作业，均不影响此类案件的专业性。其次，根据《海商法》第22条，在船上工作的其他在编人员享有船舶优先权。如劳动者在诉讼中提出确认船舶优先权之诉，该案也不属于地方法院的审理范围。因此，在理解“船员劳务合同纠纷”中“船员”的概念时，应当按照广义概念加以理解，而不应适用《船员条例》的规定。
船东可能是自然人也可能是法人，可能是船舶的所有人也可能是船舶的承租人。在劳动关系中，法人船东可能是用工单位，也可能是用人单位，而自然人船东不具备建立劳动关系的法律地位，可能与船员建立雇佣关系。
由于现在的船员很多不与船舶绑定，这些船员一般会在一些船舶管理公司就职。这些公司会与船员签订劳动合同，在船员没有被派到船上时为他们提供最低标准的待遇保障，并为船员联系工作。这些公司是直接与船员签订劳动合同的单位，在劳动关系中被称为用人单位。
根据《船员服务管理规定》，船员服务机构是指代理船员办理申请培训、考试、申领证书（包括外国船员证书）等有关手续，代理船员用人单位管理船员事务，为船舶提供配员等相关活动的服务机构。这样的机构是需要得到相应资质批准的法人，如果从事的是海员外派业务，那么还应当按《海员外派管理规定》申请海员外派机构资质。一般情况下，船员服务机构是作为中介机构为需要服务的船员联系工作，并将船员派到需要用人的船公司去。但这不影响船员服务机构本身与船员之间建立劳动关系，也就是说船员服务机构作为合法设立的公司同样可以聘用船员作为劳动者。所以在劳动关系中，船员服务机构既可能只是提供中介服务的居间人，也有可能成为与船员订立劳动合同的用人单位。
二、 船员工作模式
实践中，船员派员活动由简至繁有多种模式，涉及到的主体数量也有所变化。
最简单的模式限于船员与船东之间，即由船东自行寻找船员并与船员建立劳动关系或雇佣关系。在这种模式下，没有专门的船员服务机构参与，而船员也并没有与其他单位签订劳动合同。
其次是有三方主体参与的模式，即船员、船员服务机构和船东参与的模式。这其中又分为两类情况：所派船员是船员服务机构自身员工、所派船员是未与任何单位订立劳动合同的个人。第一类情况中，船员服务机构就是船员的用人单位、船东则是用工单位；第二种情况中，船东公司一般会被认定为用人单位，需要与船员签订劳动合同。
较为复杂的是有四方参与的模式，即船员、船员服务机构、船员用人单位、船东共同参与的模式。这种模式下，船员用人单位不是船员服务机构，而是与船员已经签订过劳动合同的其他航运公司或者是相关行业的单位。船东自然是用工单位，而船员服务机构则是为其他单位的船员提供配员服务，为船东指派船员的一个中介服务机构。
三、 船员工作相关法律关系
在模式1下，如果船东是法人或是组织，二者间构成劳动关系，船东需要与船员订立劳动合同。如果船东是自然人，则二者间形成雇佣关系，受《民法总则》等法律的调整。
在模式2下，第一类情况中，船员与船员服务机构间存在劳动关系，船员服务机构和船东之间构成劳务派遣关系。
第二类情况中，船员与船员服务机构间，船东与船员服务机构间，都是通过服务协议建立的居间关系，受《合同法》居间合同相关规定的调整，船员服务机构在其中就是一个中介的地位。而船员与船东之间构成劳动关系，应当签订劳动合同。此外，按照《船员服务管理规定》，船员服务机构负有督促用人单位与船员签订劳动合同的义务。不过，如果船东是自然人，其与船员之间构成雇佣关系。
在模式3下，船员首先与其他航运公司或者相关行业单位签订了劳动合同，因此船员与其用人单位间是劳动关系，受《劳动法》《劳动合同法》调整。而船员服务机构在其中依旧是中介的身份，与船员、船东之间都是通过居间合同建立居间关系，受《合同法》居间合同相关规定的调整。
根据《海员外派机构资质管理实施意见》，船员外派机构和船员用人单位之间则应签订船员借用协议，应当按照相关协议建立合同法律关系，受《合同法》等规定调整。船东是单位的，船员与船东构成劳务派遣关系；船东是个人的，双方构成雇佣关系。
四、 船员派员活动各方的责任
船员作为劳动者，首先应当遵守法律法规；其次应当遵守其用人单位的劳动纪律和规章制度，接受用人单位的组织和管理；在船员被指派到船东处后，应当在其与船东的就业协议或与服务机构的上船协议中，约定其自身的职责与义务，并接受船东的相关管理。需要注意的是，《船员条例》赋予船员在船舶上每工作2个月享受不少于5日年休假，以及特定条件下请求遣返等权利，只有“有证船员”有权享有。
船东作为直接用工的单位或者个人，应当对劳动者在劳动工作中的安全、福利待遇负责。包括按照劳动合同或协议支付劳动者薪资、缴纳社会保险、满足福利待遇等。
船员因工作原因出现伤亡，如果船东是与船员签订劳动合同的用人单位，则应当依照《劳动法》等规定支付工伤补偿等；如果船东与船员间是劳务关系，则应按照雇佣协议或就业协议承担相应的责任。
按照相关规定，船东与船员服务机构间应当建立联系沟通渠道，及时沟通。对船员发生意外的，按照服务协议，共同承担突发事故的处理、善后等责任。
船员用人单位是与船员直接签订劳动合同，建立劳动关系的单位，可能是船东、船员服务机构或者是其他航运公司或相关单位。但不管其身份如何，都应当对船员承担《劳动法》《劳动合同法》等法律规定的责任。包括支付劳动者薪资、缴纳社会保险、满足福利待遇等。船员因工作出现意外或工伤时，应当对船员进行补偿、善后等。
船员服务机构作为为船舶派员的特殊机构，需要有特殊的资质，从事船员外派活动的还要另外申请船员外派资质。因此船员服务机构的责任除了受相关协议约束外，还需适用《船员服务管理规定》《海员外派管理规定》《海员外派机构资质管理实施意见》等法规。其中可能包括：为外派海员购买境外人身意外伤害保险；依船舶配员服务协议，外派机构对船员违规行为的责任分担；依照上船协议，海员外派机构对外派海员工作期间的管理和服务责任；外派海员在境外发生紧急情况时海员外派机构对其的安置责任；根据协议应当承担的违约责任；向船员隐瞒信息或提供虚假信息而承担的法律责任等。
五、 船员权益的保障
船员如果权益受到侵犯、发生了事故或者出现了伤亡，根据船员与各法律主体间的法律关系，可以通过多种途径主张自己的权益。依据合同关系，船员可以要求为其提供服务的船员服务机构承担合同约定的责任；可以要求与其订立保险合同的保险公司承担赔付责任。依据劳动关系，船员可以要求与其签订劳动合同或者事实上成立劳动关系的用人单位，按照《劳动法》《劳动合同法》等规定进行工伤补偿或承担其他赔偿责任等。依据劳务关系，船员可以依照相关的约定以及《民法总则》中的规定要求船东、用人单位等承担相应的赔偿、补偿等责任。
我国《海商法》第二十二条还规定船员的一些主张享有优先权：“一、船长、船员和在船上工作的其他在编人员，根据劳动法律、行政法规或者劳动合同所产生的工资、其他劳动报酬、船员遣返费用和社会保险费用的给付请求；二、在船舶营运中发生的人身伤亡的赔偿请求。”这是法律对船员劳动权益的特殊保护。需要注意的是，此类案件属于海事法院专属管辖案件，船员应当直接向有管辖权的海事法院提起诉讼，无需申请劳动仲裁。